IBM Award for the Diploma Thesis 2005

This year’s IBM Award for the Best Diploma Thesis was presented to Andreas Doms. For details see the laudatio below.

Laudatio Andreas Doms

Fakultät Informatik, TU Dresden, 23. Mai 2005

Der IBM-Preis für die beste Diplomarbeit der Fakultät für Informatik im Jahr 2004 geht an Andreas Doms. Seine Arbeit behandelt die Extraktion von Ontologietermen aus der biomedizinischen Literatur mittels Sequenzalignment-Verfahren. Eine Suchmaschine basierend auf diesem Verfahren ist unter www.gopubmed.org online.
Die Arbeit behandelt eine hochaktuelle und sehr wichtige Fragestellung, denn die biomedizinische Literatur wächst immens (PubMed (www.pubmed.org) hat mehr als 14,000,000 Artikel) und es wurde in den letzten Jahren eine sehr gut gepflegte Ontologie, die Gene Ontology, bestehend aus fast 19.000 Termen entwickelt. Die Aktualität und Wichtigkeit der Fragstellung ist nicht zuletzt durch den Wettbewerb BioCreative dokumentiert, der u.a. Termextraktion, zum Thema hatte.
Andreas Doms hat drei Algorithmen (mit und ohne Sequenzalignment) neu entwickelt und implementiert, sowie einen vierten existierenden Algorithmus portiert. Diese Algorithmen hat er auf drei Test-Sets systematisch miteinander verglichen und die besten Parameter konfigurationen ermittelt. Die Test-Sets, die Herr Doms benutzte, sind anerkannt und wurden u.a. in obigen Wettbewerb als Standard benutzt. Um diesen Vergleiche durchzuführen hat er ein sehr umfangreiches Softwaresystem implementiert, das nunmehr der GoPubMed-Suchmaschine zugrunde liegt. Die GoPubMed-Suchmaschine, die Andras Doms implementiert hat, wird im Web Server Issue der Zeitschrift Nucleic Acids Research, die mit einem Impact Factor von 6.575 zu den Top-Publikationen im Bereich Bioinformatik gehört, im Sommer 2005 publiziert werden. Des Weiteren hat Andreas Doms Resultate auf der German Bioinformatics Conference 2004 und einem internationalen Workshop zum Thema Wissensrepräsentation in der Bioinformatik publiziert. Andreas Doms wurde von Prof. Michael Schroeder betreut und arbeitet nun an seiner Doktorarbeit.